Se precisar trocar só o conector micro USB (entrada do carregador) você não vai perder nada. Mas se não houver solução e for necessário substituir a placa toda, o que não é comum de ocorrer, aí sem você perderá seus dados.
Caso o pior aconteça, peça para a assistência responsável pelo serviço te devolver a placa com o conector danificado. Com ela em mãos, procure uma empresa especializada na recuperação de dados em celular.
Note que o serviço de recuperação de dados só vale a pena se os dados forem mesmo importantes, pois além de não haver garantias de recuperação, o serviço não costuma ser barato.